Dans chaque pays participant, il existe une structure chargée de gérer, au nom de la Commission européenne, les différentes actions du programme européen "Jeunesse en Action".
En France, le ministère de l'Education nationale, de la Jeunesse et de la Vie associative (MEJVA) a confié la gestion du programme à l'Institut national de la jeunesse et de l'éducation populaire (INJEP), au sein duquel se trouve l'agence française du programme européen "Jeunesse en action"(AFPEJA).
Située à Paris, l'agence nationale emploie 24 agents.
L'AFPEJA héberge également le centre de ressources Salto-Youth EuroMed & bonnes pratiques (3 agents), un des huit centres créés par la Commission européenne pour soutenir les agences nationales et renforcer la qualité des projets dans le programme européen "Jeunesse en action".
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En 2010, l'INJEP a remporté l'appel d'offre lancé par la Direction Générale AIDCO (Aide et Coopération) de la Commission européenne pour être le Centre d’Assistance Technique et Stratégique pour les Agences Méditerranéennes (C.A.T.S.A.M) pour la 4ème phase du programme Euromed Jeunesse.
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